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Entrepôts de données de santé: l'AP-HP en phase d'industrialisation

Crédit : Fotolia
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PARIS, 4 octobre 2019 (TecHopital) - Depuis la mise en place de son entrepôt de données de santé (EDS) en 2017, l'Assistance publique-hôpitaux de Paris (AP-HP) a multiplié les travaux informatiques pour faciliter la recherche et industrialiser l'intégration de nouveaux flux d'informations, a expliqué à TICsanté (site d'information du groupe APM International dont fait partie TecHopital) Elisa Salamanca, directrice du département web innovation et données de l'AP-HP.

L'AP-HP est le premier établissement de santé public français à avoir obtenu l'autorisation de la Cnil pour "mettre en œuvre un traitement automatisé de données à caractère personnel ayant pour finalité un entrepôt de données de santé", en janvier 2017.

Son entrepôt rassemble aujourd'hui des données sur près de 10 millions de patients traités dans les 39 établissements de l'AP-HP. En plus de données démographiques, elle comprend les données médico-administratives relevant du PMSI (programme de médicalisation des systèmes d'information), les prescriptions de médicament et les ordonnances de produits de santé délivrés en ville, plus de 50 millions de comptes rendus médicaux et 1,5 milliard de résultats de biologie associés à des passages à l'hôpital, ainsi que les données des services d'urgence, qui font partie des derniers flux d'informations intégrés.

Les métadonnées de plus de 25 millions d'examens d'imagerie, stockés sur un Pacs (Picture Archive and Communication System), peuvent également faire l'objet de requêtes par les équipes de recherche à partir de l'EDS.

L'entrepôt dispose d'une capacité totale de stockage de 2 pétaoctets (Po), dont 170 To sont déjà utilisés, hors imagerie.

Ces données remontent à 2012 pour ce qui concerne les informations issues du dossier patient informatisé (DPI) Orbis (Agfa Healthcare) et à plus de 10 ans pour les données des applications historiques du système d'information de l'établissement.

Au fur et à mesure de la constitution de l'EDS, l'AP-HP a fait appel à plusieurs outils pour en faciliter l'usage. Le logiciel open source I2B2 (Informatics for Integrating Biology and the Bedside), qui propose un système de requête, a été utilisé dès 2017 afin de sélectionner des cohortes de patients répondant à certains critères dans les données de l'entrepôt.

L'AP-HP a ensuite mis en place Jupyter, espace de travail "sécurisé et hermétique" permettant de charger des données d'intérêt pour y appliquer des traitements statistiques, a expliqué à TICsanté Elisa Salamanca, directrice du département web innovation et données de l'AP-HP.

L'outil Cognos développé par IBM a pour sa part été expérimenté à partir de 2017 afin de mettre à disposition un outil de pilotage décisionnel fournissant tableaux de bord et indicateurs sur l'activité de l'établissement. Il doit être déployé à l'ensemble de l'AP-HP à compter de septembre.

Un dernier outil complétant cet attirail informatique est en cours de développement au sein de l'AP-HP. Il s'agit du logiciel Cohort360, qui pourra récupérer des cohortes de patients créées dans I2B2 pour les affiner en proposant des fonctions de visualisation des données plus avancées.

Une soixantaine de projets d'études multicentriques

Depuis 2017, une soixantaine de projets d'études multicentriques nécessitant un accès aux données de l'EDS ont été soumis au Conseil scientifique et éthique (CSE), mis en place pour encadrer ces accès. Parmi eux, une vingtaine est réalisée avec des partenaires académiques et industriels, et 25 sont actuellement en cours.

En matière de partenariat avec le secteur privé, l'AP-HP s'est interdit de travailler avec certains secteurs, comme la banque ou l'assurance. Pour le reste, "nous sommes en discussion avec de plus en plus d'industriels de santé, on sent qu'il y a une appétence", a noté Elisa Salamanca.

Une dizaine de projets sur les 60 soumis au CSE sont issus de l'industrie. Chacun de ces projets doit associer un professionnel de l'AP-HP en tant qu'investigateur principal et faire l'objet d'un contrat signé avec la direction de la recherche clinique et de l'innovation. "Les données ne sortent pas des datacenters de l'AP-HP et les industriels viennent travailler sur nos outils et plateformes", a précisé Elisa Salamanca.

Le laboratoire Sanofi ou Owkin, spécialisée dans l'intelligence artificielle en santé, font notamment partie des premiers partenaires de l'établissement.

Epidémiologie, aide au diagnostic, intelligence artificielle

Les études menées à partir de l'EDS sont de plusieurs types: des études épidémiologiques multicentriques classiques, des études ayant pour finalité une aide au diagnostic et des études portant sur l'intelligence artificielle en imagerie, domaine "qui commence à se développer beaucoup", a relevé Elisa Salamanca. L'EDS peut également être utilisé pour des études à des fins de pilotage hospitalier et d'optimisation de l'organisation des soins.

La responsable de l'AP-HP a cité quelques exemples comme une étude épidémiologique portant sur les infections respiratoires à virus de la grippe dans les services de réanimation des différents établissements, l'évaluation de modèles prédictifs pour détecter des signes précoces de cancer colorectal à partir d'analyses biologiques collectées en routine, et l'entraînement d'algorithmes pour dépister certains cancers ou mieux détecter les organes et certaines lésions sur des imageries médicales.

Si les équipes de l'entrepôt n'ont pas encore eu de projet visant à tester et valider un algorithme sur des données de l'AP-HP, "ce sont des modèles qu'on pense voir arriver assez rapidement", a présagé Elisa Salamanca.

Intégration des données d'oncologie

L'AP-HP se penche actuellement sur l'ajout d'informations liées à l'oncologie dans l'EDS, comme les données de chimiothérapies et de réunions de concertation pluridisciplinaires (RCP). Ce chantier prendra "au mois un an", a estimé la directrice du département web, innovations et données.

L'information des patients concernant la potentielle réutilisation de leurs données a également dû être revue. Lors d'un passage à l'hôpital, le consentement de chaque usager des établissements de l'AP-HP est recueilli, et un site internet a été créé pour que chaque patient y retrouve les projets de recherche en cours sur les données de l'entrepôt, et puisse s'opposer à l'utilisation de ses données grâce à un formulaire disponible en ligne. Elisa Salamanca a indiqué recevoir "entre cinq et dix" demandes de ce type par semaine.

Côté organisation, les derniers mois ont été consacrés à la mise en place d'une équipe pour "industrialiser l'intégration de données et séparer les aspects techniques et fonctionnels", a-t-elle expliqué. Une équipe d'une petite dizaine de personnes planchent aujourd'hui sur ces chantiers.

Pour la gouvernance de l'EDS, les règles d'accès et d'utilisation des données ont été élaborées par la commission médicale d'établissement (CME), le directoire et la direction générale de l'AP-HP. Un comité scientifique et éthique (CSE) a été créé en janvier 2017 et se réunit mensuellement afin d'examiner les demandes d'accès à l'entrepôt.

La constitution du CSE doit être prochainement renouvelée, en y intégrant de nouvelles compétences, notamment en intelligence artificielle. L'AP-HP souhaite par ailleurs associer au comité davantage d'experts extérieurs à l'établissement comme des universitaires.

Depuis 2016, l'AP-HP a investi environ 5,5 millions d'euros dans son entrepôt.

rm/ab

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