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Infections nosocomiales: la plomberie, réservoir de Sphingomonas koreensis multirésistantes

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WASHINGTON, 10 janvier 2018 (TecHopital) - Des souches de Sphingomonas koreensis multirésistantes, à l'origine de 12 cas d'infections nosocomiales survenus dans un hôpital américain entre 2006 et 2016, ont été retrouvées dans l'eau et la plomberie des chambres des patients, selon une étude publiée dans le New England Journal of Medicine (NEJM).

Bien que les espèces de Sphingomonas, des bactéries à Gram négatif, soient ubiquitaires dans les environnements aqueux naturels et artificiels, peu de cas d'infections communautaires ont été rapportés, soulignent Ryan Johnson des National Institutes of Health (NIH) à Bethesda (Maryland) et ses collègues. S'agissant de Sphingomonas koreensis, seuls deux cas cliniques ont été rapportés dans de précédentes études.

En 2016, 6 patients hospitalisés au NIH Clinical Center ont été contaminés par Sphingomonas sur une période de 6 mois. Dans ce contexte, les chercheurs ont conduit une investigation épidémiologique afin d'identifier les sources possibles de contamination et de développer des stratégies efficaces de prévention.

Le séquençage génomique des 6 isolats cliniques a permis d'identifier Sphingomonas koreensis dans 4 cas. Le niveau de similarité génétique entre ces souches était "exceptionnellement" élevé (99,92%), suggérant qu'il s'agissait de la même souche clonale. Les 2 autres cas étaient dus à Sphingomonas yanoikuyae et Sphingomonas trueperi.

Les 4 souches de S. koreensis étaient résistantes à de multiples classes d'antibiotiques, dont les aminoglycosides, les bêta-lactamines et les fluoroquinolones, et étaient sensibles à l'association triméthoprime + sulfaméthoxazole et à la ciprofloxacine.

Une analyse rétrospective de la banque d'isolats cliniques de Sphingomonas provenant du NIH Clinical Center depuis 2001 a permis d'identifier 8 autres cas d'infections par Sphingomonas koreensis, dont 1 en 2006, 2 en 2008, 1 en 2010, 1 en 2011 et 3 en 2012. Le séquençage de ces souches a permis de montrer qu'elles étaient identiques entre elles ainsi qu'avec les 4 souches isolées en 2016 (plus de 99,8% de similarité), suggérant la persistance d'un réservoir.

Dans la mesure où Sphingomonas koreensis est présente dans les réservoirs aqueux, les chercheurs ont réalisé des prélèvements sur les robinets des lavabos ainsi que dans l'eau issue de ces lavabos, dans les chambres occupées par les patients au moment de leur infection.

Des cultures positives pour S. koreensis ont été obtenues pour 22 prélèvements sur robinet sur 56 (39%) et pour 9 échantillons d'eau sur 17 (53%). La résistance aux antibiotiques de ces isolats était comparable à celle des souches isolées en 2016, tout comme leur séquence génétique (plus de 99,7% de similarité), ce qui signifie que la source la plus probable de ces infections nosocomiales à Sphingomonas koreensis serait les lavabos ou l'eau, indiquent les chercheurs.

L'analyse d'isolats cliniques de S. koreensis provenant d'autres hôpitaux a montré qu'ils étaient génétiquement distincts des isolats du NIH.

Ces résultats suggèrent que Sphingomonas koreensis est un pathogène humain opportuniste qui a perduré au sein des infrastructures du NIH à la fois dans le temps et dans l'espace, et qui a été à l'origine d'infections nosocomiales, concluent les chercheurs.

(NEJM, 27 décembre 2018, vol. 379, n°26, p2529-2539)

sb/nc

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