"A travers ce projet d'épidémiologie via les eaux usées, nous avons développé un réseau de surveillance national et nous structurons maintenant un plan de surveillance pérennisé sur 60 villes", a précisé le 20 janvier Vincent Maréchal lors d'une discussion animée par Guillaume Rozier (du site Covid Tracker) et Elias Orphelin (étudiant en management à l'ESCP de Paris) sur les réseaux sociaux.

Le réseau Obépine, mis en place en mars 2020, a désormais décidé de traquer les variants du Sars-CoV-2 dans les eaux usées.

"On parle du variant britannique, hautement transmissible, pas forcément plus virulent, du variant sud-africain, apparu cet été et qui est beaucoup plus difficile à détecter, mais aussi du variant brésilien et enfin d'un variant allemand qui aurait des propriétés nouvelles", a ajouté le virologue.

"Depuis mi-décembre, nous réfléchissions aux stratégies pour détecter les variants dans les eaux usées", a-t-il confirmé.

La traque des variants nécessite des développements méthodologiques en utilisant le réseau de laboratoires experts. Deux techniques sont donc envisagées pour analyser ces variants dans les eaux usées. La première est la RT-PCR ciblée, que "nous sommes est en train de développer spécifiquement pour les eaux usées. Dès qu'il sera confirmé, l'outil permettra de déterminer quels variants sont présents et surtout de les quantifier."

"Mais pour confirmer la présence du variant, il faut séquencer la souche. Sur un patient, la souche de virus est très homogène car le patient est généralement infecté par une seule souche. Dans les eaux usées, en revanche, on est sur un mélange de souches virales. Nous sommes en train de développer des techniques de séquençage qui vont séquencer 5.000, 10.000 séquences dans l'échantillon. Et on regarde si la mutation est celle que l'on cherche."

Le laboratoire Eau de Paris utilise ainsi la RT-PCR ciblée et la métagénomique pour le séquençage dans les eaux usées. D'ores et déjà, "on constate que la prévalence du variant britannique sur les bassins versants d'Ile-de-France serait supérieure à la moyenne nationale qui est de 1,4%", a indiqué le virologue.

"Pour l'instant, nous avons des résultats préliminaires sur lesquels nous ne souhaitons pas communiquer tant qu'ils ne sont pas confirmés", a fait remarquer Vincent Maréchal, interrogé le 21 janvier par TecHopital.

Depuis la création du réseau en mars, la surveillance des eaux usées a été étendue à 158 stations d'épuration "mères", qui prennent en compte une trentaine de paramètres. "Aux 158 stations mères ont été associées 250 stations filles." Le réseau Obépine, qui s'appuie sur 9 laboratoires homologués, assure ainsi un maillage territorial.

Alors que les données sur les eaux usées étaient, à la demande des gestionnaires de stations d'épuration, jusqu'à présent confidentielles, le ministère de la recherche a donné une réponse positive à la demande de diffusion en open data des indicateurs fournis par Obépine.

Ainsi, "l'ouverture officielle des données sur les eaux usées se fera dimanche ou lundi", a annoncé jeudi le cofondateur du réseau à APMnews.

"Nous nous sommes engagés auprès des collectivités locales à laisser l'accès aux données 72 heures avant de les rendre publiques", a précisé Yvon Maday. Ainsi, pour chacune des 60 stations suivies, un rapport d'activité sera mis en ligne sur le site d'Obépine. "Nous envoyons en temps réel les rapports qui montrent les courbes de tendance", a expliqué le professeur de mathématiques.

"Nous n'allons pas publier les données brutes, puisqu'elles ne veulent rien dire en tant que tel", a ajouté Yvon Maday. Mais il s'agit d'afficher "un indicateur de tendances qui a été spécifiquement créé et qui est compris entre 0 et 150". Cet indicateur permet de comparer ce qui se passe dans une station par rapport à une autre. "Il a été créé pour moyenner les résultats afin de savoir comment se place la station dans un environnement régional."

"Quant aux données brutes, même retravaillées, elles restent en revanche sous embargo pour une plus longue période", a-t-il expliqué.

"Au niveau scientifique, la validité de l'indicateur n'est plus vraiment discutée. La question est davantage de voir ce qu'on peut en faire et comment on peut utiliser cet indicateur et comment on peut l'intégrer à un plan d'action", a complété Vincent Maréchal. Il envisage par exemple de "remonter dans les réseaux jusqu'à certains bâtiments, ou installer des barnums et tester massivement la population".

"Ce sont les mêmes informations sur les indicateurs de tendance qui seront transmises aux agences régionales de santé (ARS) et au ministère de la santé", a-t-il ajouté.

A noter que le projet Obépine mobilise une vingtaine de personnes qui travaillent à la production des données. Les prélèvements sont assurés par les gestionnaires de stations d'épuration. Soit les laboratoires font partie du consortium de recherche, soit ils sont intégrés au réseau après avoir passé des tests. "Cet ensemble de laboratoires est en train de se structurer sous forme d’un groupement d'intérêt scientifique (GIS) sous l'égide de certaines universités", a détaillé Yvon Maday.

gdl/nc