Deux mois avant que le premier malade ne soit officiellement recensé en Italie, le coronavirus était présent dans les eaux usées de Milan et de Turin, a annoncé le 19 juin l’Institut supérieur de la santé (ISS) italien, information relayée le même jour dans le journal Le Monde. Pour aboutir à cette conclusion, l'étude italienne a examiné 40 échantillons d’eaux usées, recueillis entre octobre 2019 et février 2020.

En France, le projet Obépine pour "Observatoire épidémiologique dans les eaux usées", porté par Eau de Paris en collaboration avec Sorbonne Université, le Syndicat interdépartemental pour l'assainissement de l'agglomération parisienne (Siaap) et l'Institut de recherche biomédicale des armées (Irba) a recherché la présence du génome viral dans les eaux usées de 30 stations d'épuration, entre le 5 mars, soit avant le confinement, et le 23 avril (cf dépêche TecHopital).

Mais, "les exploitants français d'eaux usées, qu'ils soient publics et privés, ne conservent pas d'échantillons d'eaux usées dans leurs frigos", a expliqué Sébastien Wurtzer, microbiologiste, virologue à Eau de Paris, interrogé le 23 juin par TecHopital.
"Nous n'avons donc pas eu la possibilité de réaliser une étude rétrospective comme en Italie. Nous nous sommes concentrés sur du frais car ce n'est pas une habitude chez les exploitants français de congeler leurs échantillons d'eaux usées".

Si le suivi est actuellement mené sur une trentaine de sites de traitement, "au fur et à mesure un ou 2 sites rejoint le projet chaque semaine" a souligné le chercheur d'Eau de Paris, avant d'ajouter: "Nous commençons à recruter des laboratoires locaux qui vont transporter les échantillons suivant le protocole du réseau Obépine, car une des limites de cette approche est le transport des échantillons". Le projet Obépine souhaite maintenant que des banques d'eaux usées soient constituées sur 6 mois pour permettre des études rétrospectives.

Pour répondre à la question de la durée de vie du coronavirus dans les eaux usées, Sébastien Wurtzer et ses collègues ont été accrédités par l'armée pour poursuivre les travaux à l'Institut de recherche biomédicale des armées (Irba) "qui nous a ouvert un accès car nous avions besoin d'un laboratoire de haute sécurité (P3) pour pouvoir manipuler le coronavirus".

Ainsi, "plutôt que d'étudier le virus dans les eaux usées ou dans les selles des patients, nous allons changer de méthode de travail. Nous allons introduire le coronavirus dans les eaux ou dans les selles". En effet, "jusqu'à présent, personne n'a réussi à remettre ce virus en culture", a fait remarquer le virologue.

"Les premiers éléments de réponse sur la persistance du coronavirus dans les eaux usées sont attendus d'ici la fin de la semaine", a-t-il fait savoir.

En parallèle, l'aéroport d'Amman en Jordanie, géré par Aéroports de Paris (ADP) a demandé au projet Obépine d'analyser ses eaux usées et envisage de tester les cuves des avions afin de détecter la présence potentielle de porteurs asymptomatiques à bord des avions. En effet, "notre méthode d'analyse (en RT-PCR) nous permet d'obtenir des résultats en 4 heures". Cette rapidité d'analyse est due au prétraitement des échantillons. En fait, "nous concentrons l'échantillon d'eau par ultracentrifugeuse pour pouvoir extraire le génome viral. Plus l'échantillon est concentré et plus il est facile de détecter le virus".

"Cette méthode, nous l'avons développée depuis 2015." Producteur d'eau potable, Eau de Paris travaille en effet sur la présence de bactéries et de virus de gastro-entérites dans les eaux brutes avant traitement. Et, "nous savons que les stations d'épuration sont les principaux contributeurs de la contamination fécale des rivières".

"Aujourd'hui, les clusters qui apparaissent sont noyés dans la masse du bruit de fond car le virus circule toujours. Je pense qu'on pourrait détecter l'apparition de nouveaux clusters si le virus ne circulait pas autant", a fait remarquer le virologue.

La charge virale étant proportionnelle au nombre de malades, "le réseau serait capable de détecter une seconde vague, si elle est aussi massive que la première", a assuré Sébastien Wurtzer.

Combien de charge virale excrète une personne infectée en fonction du fait qu'elle est asymptomatique ou symptomatique et cela pendant quelle durée? "Aujourd'hui nous n'avons aucune idée à ce sujet", avoue-t-il.

Mais il précise que "l'hôpital Saint-Antoine [AP-HP] fournit des échantillons de selles de patients pour connaître la charge virale en fonction des patients symptomatiques ou asymptomatiques". Et, "nous en saurons plus d'ici mi-juillet. Si aujourd'hui la cohorte de patients Covid n'est pas assez importante, nous attendons d'obtenir suffisamment d'échantillons pour que la cohorte soit représentative" et donne des indications fiables à ce sujet.

Enfin, les membres du projet Obépine rencontrent un dernier problème, celui de "la remontée des données". Les exploitants d'eaux usées ou les gestionnaires se disent propriétaires des échantillons et des résultats d'analyse. "Quand le résultat est négatif, ils sont prêts à communiquer mais ont plus de mal à transmettre les données quand ils sont positifs au coronavirus", souligne le virologue.

"Nous demandons à ce que les collectivités locales soient informées par les exploitants, et que les exploitants fassent remonter les informations aux bonnes personnes et au bon moment. D'ailleurs, nous attendons une lettre de cadrage des autorités qui annonceraient clairement les choses", a-t-il conclu.

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